أولاً: بعد الاعتماد على العنوان تأتي مرحلة جمع النسخ الخطية، حيث يبدأ الباحث عمله بجمع نُسخ المخطوط المبعثرة في مكتبات العالم قدر المستطاع، بالرجوع إلى فهارس المخطوطات العربية والأجنبية ومنصات البحث، والمراجع التي اهتمت بتوثيق ورصد المخطوطات ككتاب ( تاريخ التراث العربي) لفؤاد سزكين.
ثانياً: هي ترتيب النسخ الخطية، حيث يرتّب الباحث النسخ التي جمعها بدءاً بالنسخة التي كتبها المؤلف بنفسه، ثم تلك التي نسخها آخرون في زمن المؤلف وقُرئت عليه فأجازها وزكّاها، ثم التي كُتبت في زمنه وأضاف إليها علماء آخرون تعليقاتهم ومعارضاتهم، وعلى المحقق أن يُرجح دائما النسخة الأقدم من المخطوط إلا في حال كانت النسخة المتأخرة جيدة وأقرب لأسلوب المؤلف وفكره.
ثالثاً: فهي تتعلق بحصر النسخ المتشابهة للمخطوط الذي حظي بانتشار أوسع، وتصنيفها ضمن فئات أو عائلات، تسهّل ضبط اختلافات النُساخ. والغاية من ذلك هي تقديم المخطوط كما وضعه مؤلفه، وعدم تكرار النسخ.
رابعاً: اختبار النسخة الأم وتصنيف غيرها حسب قربها من زمن المؤلف، وهنا نراعي عدة أمور منها: نسخة خط المؤلف مقدمة على غيرها، فإن لم نجد فبنسخة نسخت في عصره، فإن لم نجد فأقرب تاريخ للمؤلف، ثم التي تحتوي تعليقات مهمة أو قيود مقابلة أو بلاغات متنوعة لأن هذه النسخة تدل على قراءتها من قبل عالم أو طالب علم، وهكذا.
خامساً: بعد اختيار النسخة الأم يتم كتابتها على الوورد ، ونراعي رسم الإملاء المعاصر بإضافة التاء المربوطة والتذكير والتأنيث والصرف والنحو والهمزات وما إلى ذلك من قواعد إملائنا المعاصرة، فلا نترك المخطوط كما هو بدون همزات وغير ذلك من الأمور الواضحة المكتوبة بالمخطوط.
سادساً: بعد كتابة المخطوط من النسخة الأم تأتي مرحلة مقابلة النسخ فيما بينها وإثبات فروق النسخ؛ ليتم لنا سلامة النص، وبمقابلة النسخ تظهر سقوطات النسخ وأخطاء النساخ.
سابعاً: بعد المقابلة تأتي مرحلة الضبط ووضع علامات الترقيم، من تشكيل المشكل ووضع علامات الترقيم المناسبة بقراءة عميقة لفهم النص.
ثامناً: وضع حواشي الكتاب لأنها المظهر الحقيقي للمجهود النقدي والعلمي الذي قام به المحقق. وأبرز ما تتضمنه الحواشي هي تصحيح الأخطاء، وعزو الأقوال من آيات قرآنية وأحاديث نبوية وأشعار وغيرها، وكذا التعليقات والشروح الضرورية، وتبين المجهول وإيضاحه والتعريف بالمبهم، ومناقشة المسائل.
تاسعاً: بعد أن ينتهي المحقق من عمله يبقى شيء أخير وهو وضع مقدمة للكتاب، حيث يشير المحقق فيها إلى موضوع الكتاب، والإضافات القيّمة التي يتضمّنها، والمقدمة لا تكون إلا بعد العمل بالكتاب ليظهر معه الصعوبات وأفكار المؤلف، وما إلى ذلك.
عاشراً: عمل المراجع والمصادر التي اعتمدها في تحقيق الكتاب، ثم يقوم بعمل الفهرس بعد اكتمال الصورة النهائية للكتاب، كفهرس الموضوعات والأعلام والأماكن و البلدان.. إلخ
